Pesantren Modern Al Manar mengajarkan pendidikan berorganisasi kepada santrinya. Santriya kelas V atau Kelas II Aliyah diberi kepercayaan oleh Pimpinan Pesantren dan Dewan Pengasuh Pesantren untuk membantu Pimpinan dan Asatizah untuk membimbing adik-adik kelasnya dalam menjalankan disiplin dan sunnah-sunnah Pesantren. Mereka dibina oleh para asatiz sesuai dengan bagian mereka masing-masing, Di awal tahun berdirinya Pesantren Modern Al Manar, Organisasi Santri Pesantren Modern Al Manar atau disingkat dengan (OSPA) belum terbentuk, karena setiap bagian diasuh secara langsung oleh para Asatiz, baru pada tahun ketiga atau tepatnya tahun 2004 dikukuhkan dan diresmikan organisasi Pesantern Modern Al Manar Oleh Pimpinan Pesantren Tgk . Syarifuddin atas prakarsa Ust. Ikhram dan Ust M. Syafrizal yang pada saat itu mereka dipercayakan oleh Pimpinan untuk menjabat sebagai Kepala Pengasuhan dan Kepala Pengajaran Pesantren Modern Al Manar, Organisasi Santri Pesantren Modern Al Manar (OSPA) pada saat itu dipegang oleh santri kelas III Tsanawiyah, dikarenakan belum adanya santri ditingkat Aliyah.
Dalam pembinaannya OSPA berada langsung dibawah Bagian Pengasuhan Santri, sehingga setiap anggota OSPA yang melanggar disiplin dan sunnah-sunnah Pesantren langsung mendapatkan hukuman dari Bagian Pengasuhan Santri, maka secara tidak langsung semua santri Al Manar tidak ada yang kebal dari hukuman atau pembinaan bagi mereka yang melanggar Disiplin Pesantren.
Saat ini Organisasi Santri Pesantren Modern Al Manar terdiri dari 13 bagian yang terdiri dari : 1).Bagian Keamanan, 2).Bagian Penggerak Bahasa, 3).Bagian Penerangan, 3).Bagian Ta’mir Mesjis, 4).Bagian Dapur, 5).Bagian Olahraga, 6).Bagian Koperasi Pelajar, 7).Bagian Kantin, 8). BagianKesehatan, 9).Bagian Perpustakaan, 10).Bagian Diesel, 11).Bagian Kebersihan Lingkungan, 12).Bagian Kesenian. 13).Koordinator